明治25(1892)年に旧延岡藩主・内藤家が建設した邸宅が、昭和14(1939)年に延岡市に寄贈され、内藤記念館として一般公開されました。邸宅は戦災で焼失したのですが、市制施行30周年となる昭和38(1963)年に、前身の「内藤記念館」が新たに建設され、郷土資料の保存や展示、諸会合の会場、歴史民俗資料館としての機能を拡充し、長年、多くの市民の皆さんに親しまれてきました。しかし施設の老朽化が顕著となったことから、新たな博物館施設としての整備が進められ、令和4年9月23日に、名称も新たに「延岡城・内藤記念博物館」として開館しました。
外壁や1階の企画展示室入り口の壁は、カラミレンガ風になっており、館内の天井にスギ、壁にヒノキといった延岡市産材がふんだんに使用されています。延岡藩の最後の藩主である内藤政擧(まさたか)が明治25(1892)年に建てた建造物も当時の姿で残されており、延岡市の歴史を肌で感じることができます。